foto: ČD tiskové materiály/ČD
Spolu s odchodem generálního ředitele Ivana Bednárika rezonovalo ve společnosti téma odkládané transakce, která mohla Českým drahám přinést zisk 3,5 miliardy. Prodej pozemků pod kolejovým svrškem měl znamenat uzavření transformace české železnice započaté před dvaceti lety. Z této proměny se železnice dodnes nevzpamatovala.
Na přelomu let 2002 a 2003 zanikla státní organizace České dráhy a na její místo nastoupily tři samostatné subjekty – státní organizace Správa železniční dopravní cesty (dále jen „Správa železnic“), akciová společnost České dráhy a také národní orgán Drážní inspekce. Z několika modelů liberalizace železničního prostředí získala Správa železnic za úkol péči o koleje a České dráhy provoz dopravy. Jiný způsob zvolilo Německo či Rakousko, kde správce infrastruktury patří do stejné skupiny jako národní dopravce a celý koncern vystupuje jako akciová společnost. Velká Británie pro změnu už v 90. letech prakticky zlikvidovala národního dopravce a jeho veškeré funkce rozdělila mezi soukromníky. Infrastrukturu musela časem kvůli údržbě vrátit pod stát.
V polovině 90. let plánoval České dráhy po německém a britském vzoru transformovat jejich tehdejší generální ředitel Emanuel Šíp. Do cesty se mu však postavily odbory a Šíp ve vedení drah skončil. Česko formálně oddělilo funkci správce infrastruktury a dopravce, oba subjekty však zanechalo pod státní kontrolou. České dráhy a.s. převzaly podstatnou část majetku státních Českých drah včetně části infrastruktury. Správa železnic tak zpočátku nevlastnila majetek, který měla spravovat a fungovala jako nepopulární servisní organizace o počtu 170 zaměstnanců.
S transformací Českých drah se potýkala menšinová sociálnědemokratická vláda Miloše Zemana. Šéfové resortu dopravy Antonín Peltrám a později Jaromír Schling stáli před nelehkým úkolem. Zákon o transformaci drah, který musel projít třemi úpravami a nesetkal se s přízní opozičních stran, prošel až v únoru 2002. Řešení navrhovalo vytvořit akciovou společnost České dráhy, která by vlastnila vozidlový park, nikoli dopravní cestu a pozemky pod ní. Ona dopravní cesta měla zůstat státu a České dráhy měly vystupovat pouze jako její správce. Vedle akciových drah měl vzniknout zbytkový podnik, který by převzal třicetimiliardové dluhy státních drah.
Návrh se od počátku setkal s odporem opozice a drážního sektoru. Samotné dráhy se obávaly, že podnik nezvládne čelit konkurenci, neboť nebudou moci disponovat s majetkem, který vlastní ostatní železnice. Ministr Peltrám oponoval následovně: „Potřebujeme průhlednost hospodaření železničního provozu, kde by se měla umožnit konkurence více provozujících subjektů na téže dopravní infrastruktuře. V důsledku toho je nutné oddělit dopravní infrastrukturu a provoz.“ Přes veškeré snahy vlády Miloše Zemana neprošel zákon ani prvním čtením. Ministr Peltrám se ovšem neměl k výrazným změnám, když odmítl požadavky drážních odborů následovat německý model a vytvořit z drah holding dopravce i správce infrastruktury. Návrh z podzimu roku 1999 ukládal akciovým drahám pouze funkci provozovatele, nikoli správce. Ten ovšem neprošel ani vládou a na jaře Peltrám opustil funkci ministra dopravy. Jeho nástupce Schling nechal vypracovat studii a příprava třetího návrhu nastala až v roce 2001. S podporou poslanců z řad komunistů a lidovců jej sněmovna schválila navzdory senátnímu vetu. Rozdělení drah bylo připraveno na konec roku. Zákonu však zkřížil cestu Ústavní soud, který zasáhl do rozdělení majetku mezi Správu železnic a České dráhy. Princip zákona však zůstal respektován. Vznikly akciové České dráhy a státní Správa železnic. Dluhy drah převzala Správa železnic. Stát reprezentovaný Správou železnic si ponechal dopravní cestu, tedy koleje, trakční vedení, měnírny či návěstidla, a ještě nástupiště mezi kolejemi. Vozidla, nemovitosti a pozemky připadly Českým drahám.
Dráhy se staly jak provozovatelem dopravy, tak trati, zařizovaly provoz a sestrojovaly jízdní řád. To ovšem nevítalo Sdružení železničních společností uskupené malými soukromými dopravci. Hlavní důvod spočíval v tom, že by měly České dráhy přidělovat trasy konkurenčním dopravcům. Ve skutečnosti ale trasy, po kterých jezdili soukromí dopravci, vlastnily jiné společnosti. Nastaly ovšem i další komplikace, například dělení Českých drah, které vyústilo vyčleněním nákladní dopravy do samostatné dceřiné společnosti, ale i příbytek alternativních dopravců.
V polovině roku 2008 se provozu drah konečně ujala Správa železnic. Za převedený majetek, který tvořila především zařízení i nemovitosti potřebné k údržbě tratí, obdržely České dráhy 12 miliard korun. Tehdejší kabinet Mirka Topolánka uvažoval o nižší částce, ale nakonec zvítězil poslanecký návrh. Stál za ním Oldřich Vojíř (ODS) a důležitost převodu majetku opíral o snahu otevřít trh konkurenci.
Převod majetku vzbudil poněkud kontroverzní reakce, řada kritiků jej označovala za skrytou podporu Českým drahám. Nedával jim smysl prodej majetku, který měl Správě železnic patřit od počátku, a navíc podle jejich odhadů nedosahoval hodnoty dvanácti miliard.
Správa železnic tak vlastnila téměř vše z tzv. mrtvé dopravní cesty, navíc k ní od Českých drah přešlo jedenáct tisíc zaměstnanců. Dráhy stále organizovaly provoz, byť podle instrukcí od Správy železnic. V roce 2011 přešlo ke Správě železnic téměř deset tisíc dalších zaměstnanců, především z řad dispečerů a výpravčích a České dráhy ztratily podíl na sestavování provozu. Došlo k dalším převodům majetku, v roce 2016 se jednalo o celkem 1500 nádražních budov za 3,3 miliardy korun.
Nyní se Správa železnic má stát vlastníkem další části majetku spadajícího pod České dráhy. Jedná se o nástupiště přiléhající k budovám a o pozemky pod nádražími, za jejichž pronájem si loni vystavily České dráhy fakturu na tři miliardy korun. Za odchodem generálního ředitele Ivana Bednárika má stát právě otázka prodeje pozemků. „Jak jsem viděl diskusi dnešního ministra financí a bývalé ministryně financí, tak položka, která souvisela s převodem pozemků Českými drahami a Správou železnic, je značně nejistá. To znamená, že celý podnikatelský plán Českých drah, který jsme vyšívali a připravovali poslední měsíce, je vlastně znovu na diskusi s dozorčí radou,“ komentoval Bednárik svůj odchod. Majetkové poměry Českých drah a Správy železnic tak zůstávají nevyřešené i devatenáct let po rozkladu státní organizace.